Изследователите са открили мистериозен ген в генетичния код на коронавируса SARS-CoV-2, сегмент, почти скрит от очите в генома на вируса и все още пренебрегван.
Новоидентифицираният ген – ORF3d – е пример за това, което се нарича припокриващ се ген: вид „ген в гена“, който ефективно се скрива във веригата от нуклеотиди поради факта, че припокрива кодираните последователности на други гени.
„По отношение на размера на генома, SARS-CoV-2 и неговите роднини са сред най-дългите съществуващи РНК вируси“, обяснява биоинформатикът Чейс Нелсън от Американския природонаучен музей.
„По този начин те са по-податливи на„ геномни трикове “, отколкото други РНК вируси.“
Всъщност вирусите са много склонни към припокриващи се гени, така че това не е точно изненадващо откритие. Остава да разберем дали ORF3d наистина е геномна измама, но определено е трудно да се види така или иначе.
Припокриващите се гени са трудни за идентифициране в генетични последователности, тъй като системите за геномно сканиране често могат да ги пропуснат при сканиране на линии с генетичен код: те са програмирани да избират отделни гени, но не непременно виждат всеобхватни инструкции, общи за нуклеотидите на съседни гени в последователността.
Електронна микрофотография на вирусни частици на SARS-CoV-2. (NIAID).
В контекста на вируси като SARS-CoV-2 това може да създаде сериозно сляпо петно. Учените се стремят да разберат възможно най-много за този опустошителен вирус от началото на тази година и въпреки че някои аспекти на генетичната му структура са изяснени (включително твърдото убеждение, че той не е „създаден в лабораторията“), има много неща, които просто все още не знаем. .
“Припокриващите се гени може да са един от арсенала на начините, по които коронавирусите са се развили, за да се възпроизвеждат ефективно, да подкопават имунитета на гостоприемника или да се предават.”
Що се отнася до ORF3d, има още много да се научи защо съществува, крие се в генома и припокрива други гени.
Едно нещо, което със сигурност знаем за мистериозния ген, базиран на предишни кръвни тестове от пациенти с COVID-19, е, че ORF3d наистина предизвиква силен отговор на антитела.
„Все още не знаем неговата функция и клинично значение“, казва Нелсън.
„Но ние прогнозираме, че този ген е сравнително малко вероятно да бъде открит от Т-клетъчен отговор, за разлика от отговора на антитела. И може би има нещо общо с това как генът е могъл да възникне.
Едно е сигурно. За вирус, който има само около 15 известни гена, откриването на още един, камо ли припокриващ се ген, е значителен напредък. Колко важно, учените сега ще се опитат да разберат.
Резултатите се съобщават на eLife.
